正在调查坠落在太平(píng )洋上的不明飞行物体的海上自卫队二(èr )尉有动贵文(wén )（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他(tā )（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程(chéng )学的(de )研究机关）的监(jiān )视下逃走，从此就没了音(yīn )训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲(zhé )也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决(jué )定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发(fā )生的(de )事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注(zhù )，尤其是BCST中的(de )化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不(bú )明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木(mù )，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意(yì )志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗(hào )，在遭到决(jué )定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从(cóng )东京(jīng )被护送回BCST研究室的途(tú )中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后(hòu )跟妻(qī )子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生(shēng )物进入体内而(ér )产生变异的"THE ONE"重返出现在(zài )新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不(bú )过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟(gēn )儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真(zhēn )木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般(bān )的红色，两肘的特征(zhēng )是出现肘刀(dāo )。现在，以新宿副市(shì )中心(xīn )为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！